Dada la evidencia científica en la década de los 60s sobre deficiencias nutricionales, el INCAP desarrolló la estrategia de fortificación de alimentos de consumo masivo, para proporcionar vitaminas y minerales, cuyas deficiencias afectaban a grandes grupos de la población centroamericana. 

El aporte del INCAP a través de los años, ha sido determinante para la generación de evidencia sobre la efectividad biológica del proceso de fortificación y sus aplicaciones, así como en la discusión y  concienciación ante los tomadores de decisiones para su implementación.

Dos casos emblemáticos en la historia del INCAP, han sido, 1) la yodación de la sal para consumo humano y animal y de esa forma prevenir y controlar los trastornos por deficiencia de yodo (caso Guatemala, 1954), y; 2) la fortificación de azúcar con vitamina A, considerada como la intervención más efectiva y eficiente para reducir la deficiencia de este nutriente en los años setenta (liderada por el Dr. Guillermo Arroyave y otros investigadores del INCAP, en colaboración con el sector productor de azúcar de Guatemala).

La acción del INCAP a través de sus laboratorios de referencia, ha trascendido también para acciones de vigilancia sobre la implementación y evaluación de programas institucionales y su impacto en la población, generando incidencia y abogacía política para la toma de decisiones en beneficio de la población.

El INCAP continúa promoviendo, apoyando y protegiendo la fortificación de alimentos de consumo masivo como una estrategia integral para el control de las deficiencias de micronutrientes, como los ya mencionados y otras matrices alimentarias como: la harina de trigo, de maíz y el arroz, además de nuevos estudios en alimentos biofortificados.